Staroobrzędowcy, zwani także filiponami, nie uznali w XVII w. reform patriarchy Nikona wprowadzonych w Rosyjskim Kościele Prawosławnym. Prześladowani za swoje
przekonania religijne, zmuszeni byli emigrować. Pierwsi staroobrzędowcy przybyli na Mazury w latach dwudziestych XIX w., początkowo z ziemi suwalsko-sejneńskiej,
później również z głębi Rosji. Dzieje mazurskich staroobrzędowców są ściśle powiązane z klasztorem wojnowskim. Początki klasztoru sięgają 1836 r, . kiedy to starzec
Ławrientij Rastropin (1762-1851) założył nad brzegiem jeziora Duś małą pustelnię. W 1847 r. przekształcono ją w klasztor, którego pierwszym igumenem (przeorem)
został Michaił Chawronin, a w 1849 r. klasztor staje się filią słynnego ośrodka staroobrzędowego w Moskwie, zwanego Cmentarzem Prieobrażenskim. W wyniku zaostrzających
się w Rosji represji wobec staroobrzędowców klasztor wojnowski stał się schronienieniem dla wielu prześladowanych. Największy rozkwit klasztoru przypada na lata 1852-1867,
gdy igumenem był Paweł Pruski (Pieter Iwanowicz Ledniew, 1821-1895). Z jego inicjatywy zostaje założona drukarnia w pobliskim Piszu. W 1867 r. Paweł opuszcza Mazury,
udaje się do Rosji i przechodzi na jednowierstwo, podporządkowane hierarhii Kościoła prawosławnego. Odejście Pawła wywołało we wsólnocie staroobrzędowej ostry kryzys.
Klasztor chylił się ku upadkowi i w 1884 roku staje się własnością jednego z zamożnych staroobrzędowców, Uliana Słowikowa. Starowierska wspólnota zaczęła stopniowo maleć
na rzecz jednowierstwa. Staroobrzędowcy podjęli akcję przeciwdziałającą, wysyłając do Moskwy specjalne emisariuszki. W wyniku tej akcji już w 1885 roku przysłano na Mazury
młodą zakonnicę Eupraksję (Jelena Pietrowna Dikopolska, 1863-1943) , która po pewnym czasie odkupiła na swoje nazwisko klasztor wraz z przylegającym doń gruntem. Wokół
niej zgromadziły się siostry zakonne przybyłe z Rosji oraz pozostałe przy życiu mniszki ze spalonego żeńskiego monasteru w Pupach (Spychowo) i nieco później założonego
klasztoru w Majdanie. Do największego rozkwitu doszedł żeński klasztor tuż przed wybuchem I wojny światowej. Jego działalność zahamowało przechodzenie miejscowych
staroobrzędowców na jednowierstwo. Zakonnice obok praktyk religijnych i ciężkiej pracy na roli klasztornej prowadziły także działalnośc opiekuńczą w stosunku do ludzi
starych i kalek. Klasztor przetrwał kolejne zawieruchy wojenne i stanowi dzisiaj bardzo interesujący zabytek kultury religijnej i obyczajowej. Położony w malowniczej
krainie lasów i jezior, jest zabytkiem przyciągającym liczne rzesze turstów. 8 kwietnia 2006 roku zmarła ostatnia zakonnica.